Enzimski imunoesej - anti-HCV antitijela otkrivaju se metodom enzimski imunoesej (engl. enzyme immunoassay; EIA). Test treće generacije (EIA-3) koji se koristi danas osjetljiviji je i specifičniji nego njegovi prethodnici. Međutim, kao i kod svih enzimskih imunoeseja, lažno-pozitivni rezultati se ponekad javljaju. Stoga je potrebno dodatno potvrdno testiranje. Najbolji način za potvrdu dijagnoze je HCV RNA test korištenjem metoda PCR (polymerase chain reaction) ili TMA (transcription mediated amplification). Postojanje HCV RNA u krvi znak je aktivne infekcije. Testiranje na HCV RNA pomaže i kod pacijenata kod kojih su EIA rezultati nepouzdani, kao što su osobe oslabljenog imunološkog sistema, te osobe s akutnim hepatitisom u početku bolesti dok se antitijela još nisu razvila. Antitijela su prisutna kod gotovo svih bolesnika mjesec  dana od početka akutne bolesti pa je test potrebno ponoviti kod bolesnika kod kojih prvi put antitijela nisu dokazana. Ako je osoba inficirana virusom hepatitisa C, tada je HCV RNA prisutan i potvrđuje dijagnozu.

Westren blot ili RIA (Recombinant Immunoblot Assay) takođe se koristi za potvrdu anti-HCV reaktivnosti, odnosno postojanja antitijela protiv virusa hepatitisa C. U nekim situacijama pomaže potvrdno testiranje ovom metodom, npr. kod osoba kod kojih je EIA test pozitivan (dokazana antitijela), a HCV RNA negativan (nije dokazan virus). Pozitivan EIA test u takvim situacijama može značiti lažno-pozitivnu reakciju, oporavak od hepatitisa C ili trajnu virusnu infekciju kod koje je broj kopija virusa preniska da bi se otkrila. Ukoliko je ova pretraga pozitivna kod takvih pacijenata, pacijent se najvjerojatnije oporavio od hepatitisa C te još uvijek ima antitijela. Ukoliko je Western blot test negativan, najvjerojatnije je EIA rezultat lažno-pozitivan. Ukoliko je rezultat neodređen, potrebno je ponavljanje HCV RNA testiranja.

Direktni testovi za HCV RNA dokazuju prisustvo HCV RNA, nukleinske kiseline virusa, u krvi. Pozitivan rezultat znači da se virus nalazi u tijelu bolesnika. Metodama PCR (polymerase chain reaction) i TMA (transcription mediated amplification) mogu se dokazati i niski nivoi virusa u krvnom serumu. Testiranja postojanja HCV RNA je pouzdan način dokazivanja postojanja HCV infekcije i najspecifičniji je test za ovu infekciju. Testiranje je posebno korisno kad je nivo jetrenih enzima normalan ili neznatno povišen, kad prethodnim testovima nije dokazano postojanje anti-HCV antitijela ili kad su ozljedu jetre mogli uzrokovati višestruki uzroci. Ovom metodom se infekcija dokazuje kod osoba oslabljenog imunološkog sistema, nedavnih primaoca organa ili oboljelih od hroničnog zatajenja bubrega. PCR metoda otkriva virus ako ga ima najmanje 50-100 kopija po mililitru (ml), što je jednako 25-50 međunaroidnih jedinica (IU). TMA je nešto osjetljiviji test koji bi uskoro mogao postati široko dostupan. Gotovo svi oboljeli od hepatitisa C imat će pozitivne ove testove.

Određivanje broja virusa u krvi (kvantifikacija HCV RNA) provodi se na nekoliko načina. Ove su metode: kvantitativna PCR i branched DNA (bDNA) test. Ovi testovi, nažalost, nisu standardizirani i testiranje u različitim laboratorijima može dati drugačije rezultate na istom uzorku. Osim toga, broj virusa u krvi može biti trostruko do deseterostruko veća u različitim vremenskim intervalima. Ipak, kad se oprezno izvode, ovi testovi pružaju dragocjen uvid u narav hepatitisa C. Većina pacijenata s hroničnim hepatitisom C imaju između 100 000 i 10 000 000 kopija po ml. Broj virusa nije povezan s težinom hepatitisa C ili lošijom prognozom (kao npr. kod HIV infekcije), ali utiče na vjerojatnost boljeg odgovora na terapiju. Odgovor na liječenje alfa interferonom i ribavirinom bolji je kod bolesnika s manjim brojem kopija. Nekoliko je definicija 'niskog nivoa' HCV RNA, međutim obično se prihvaća kako je to ispod jednog miliona kopija internacionalnih jedinica, odnodno dva miliona kopija po mililitru. Praćenje nivoa HCV RNA tokom rane faze liječenja pruža informacije o vjerovatnoće dobrog terapijskog odgovora. Ipak, zbog trenutnih ograničenja testiranja, to nije posve pouzdan pokazatelj i vodič za terapiju.

Genotipovi HCV-a kojim je zaražena pojedina osoba korisne su informacije za definisanje epidemiologije hepatitisa C i odluku o najprikladnijoj terapiji. Pacijenti s genotipovima 2 i 3 imaju triput veću vjerojatnoću odgovora na interferonsku terapiju nego osobe inficirane HCV genotipom 1. Kad se propisuje kombinovana terapija, preporučena doza i trajanje liječenja ovisi o genotipu virusa. Iz ovih razloga je testiranje genotipa korisno. Jednom kad se utvrdi genotip, nije potrebno ponavljanje testiranja jer se genotip kod pacijenta ne mijenja tokom infekcije.

Biohemijski pokazatelji HCV infekcije očituju se promjenom nivoa jetrenih enzima alanin aminotransferaze (ALT) i aspartat aminotransferaze (AST). Ti se enzimi zajednički zovu i serumske transferaze jer služe za prenos aminokiselina u tekućem dijelu krvi (serumu). Jetreni enzimi postaju povišeni otprilike 6-12 sedmica (mogući raspon je 1-26 sedmica) nakon zaraze. Kod hroničnog hepatitisa C veličine ALT i AST povećavaju se od 0-20 puta (obično manje od pet puta) u odnosu na gornju granicu normalnih vrijednosti kod zdrave osobe. Vrijednosti ALT obično su više nego AST, ali to može biti i obrnuto kod bolesnika s cirozom. Nivo jetrenih enzima može se mijenjati nakon akutne infekcije; ALT se može normalizirati kod velikog broja bolesnika, što nije nužno znak ozdravljenja. Drugi enzimi, alkalna fosfataza (AP) i gama-glutamil transpeptidaza (GGT) obično su normalni. Povišene vrijednosti mogu biti znak ciroze. Pojava reumatoidnog faktora (RF) te niskog broja trombcita i leukocita u krvi česti su kod pacijenata s teškom fibrozom  ili cirozom, te su naznaka uznapredovale bolesti. Enzimi laktat dehidrogenaza (LDH) i kreatin kinaza (CK) obično su normalni. Nivo albumina i faktora zgrušavanja protrombina normalne su osim u završnom stadiju. Nivo željeza i njegova nosioca feritina mogu biti blago povišene.

Normalne vrijednosti ALT uočavaju se kod nekih bolesnika s hroničnim hepatitisom C, čak i kad se testiranje višestruko ponavlja. U ovakvoj situaciji dijagnoza HCV infekcije može biti upitna i potvrđuje se HCV RNA testiranjem. Prisustvo HCV RNA znači aktivnu virusnu infekciju unatoč normalnim veličunama ALT.

Biopsija jetre nije nužna za postavljanje dijagnoze, ali je korisna za određivanje težine bolesti i stepena fibroze (nakupljanja vezivnog tkiva u jetri) i trajnog oštećenja građe jetre. Biopsijom jetre se mogu isključiti drugi uzroci jetrene bolesti, npr. alkoholna bolest jetre ili preopterećenje željezom. HCV uzrokuje sljedeće promjene tkiva jetre: - smrt ćelija (nekroza) i upalu oko portalnih područja; tzv. "piecemeal nekroza" ili "interface hepatitis". - smrt jetrenih ćelija (hepatocita) i mjestimične upale u tkivu jetre - upalne ćelije u portalnim područjima ("portalna upala") - nakupljanje vezivnog tkiva (ožiljaka) koje sve više napreduje. Nekoliko se skala koristi za rangiranje fibroze jetre, najčešće ona od 0-4 gdje nula označava jetru bez fibroze, a broj četiri cirozu jetre.

Serumski markeri jetrene fibroze - biopsija jetre je invazivan i skup zahvat koji nije bez komplikacija. Najmanje petina bolesnika nakon biopsije jetre ima bolove koji zahtijevaju lijekove. Rjeđe komplikacije uključuju probijanje drugog organa, infekciju i krvarenje. Smrt se javlja kod jedne osobe na 5 000-10 000 obavljenih biopsije jetre. Očito je kako bi neinvazivne metode za određivanje stupnja fibroze, kao npr. nekim testovima krvi, bile vrlo dobrodošle. ALT aktivnost, posebno ako se više puta testira tokom dužeg vremenskog perioda, prilično su pouzdan pokazatelj aktivnosti bolesti. Stoga bolesnici s ponavljanim normalnim vrijednostima ALT obično imaju blage nekrotsko-upalne promjene na uzorku dobivenom biopsijom jetre. Bolesnici kojima je vrijednost ALT tokom ponavljanih testiranja uvijek pet puta ili više veća od normalne, imaju velik broj umrlih ćelija i upalnih procesa u jetri. Ipak, kod većine bolesnika ALT je blago do umjereno povišen i takve osrednje vrijednosti nisu dobar pokazatelj stanja jetre. Još bi bolje bilo kad bi se testovima, bez biopsije, mogao odrediti stepen oštećenja jetre. Nažalost, serumski testovi nisu dovoljno pouzdani za predviđanje fibroze, naročito u ranim stadijima. Kad oboljeli razviju značajnije fibroze i cirozu jetre, krvni testovi mogu biti korisni. Alarmantni signal jest veća AST nego ALT vrijednost, visok GGT i AP, nizak broj trombocita, pojava reumatoidnog faktora, povišeni globulini, abnormalni bilirubin, albumin ili protrombinsko vrijeme. Opasnost signalizira i jetra tvrda na opip, pojava proširenih kapilara u obliku pauka (nevus araneus) na koži ili crvenila dlanova (palmarni eritem). Iako nijedan od ovih pokazatelja nije savršen, njihova pojava treba dovesti do sumnje u značajnu fibrozu i početak intenzivnog liječenja.

Otkrivanje varikoziteta jednjaka i hepatocelularnog karcinoma Pacijenti s cirozom se trebaju u pravilnim intervalima kontrolisati kako bi se uočio razvoj proširenih krvnih žila jednjaka korištenjem endoskopije gornjeg probavnog sistema upotrebom optičkog instrumenta gastroskopa. Takve je bolesnike potrebno kontrolisati i zbog mogućeg razvoja karcinoma jetre. Pretrage ultrazvukom i provjera koncentracije tumorskog markera alfa fetoproteina (AFP) mogu se obavljati svakih šest mjeseci ili po preporuci liječnika.

Nakon kontakta s HCV virusom potrebno je obaviti niz testiranja kako bi se otkrilo je li došlo do zaraze. Opisani vremenski periodi za pojavu pojedinih markera infekcije opravdavaju preporučeni dijagnostički postupak:

• HCV RNA testiranje pomoću PCR metode odmah nakon izlaganja, nakon 4 i nakon 12 sedmica
• testiranje antitijela odmah i nakon 12 sedmice
• testiranje jetrenih enzima (ALT i AST) odmah, nakon 4 i nakon 12 sedmica