Virus hepatitisa C (HCV) je virus iz porodice flavivirusa. Ne postoji homogenost sa HBV-om, drugim hepadna virusima i retrovirusima. Veličina mu je 30-60 nm u promjeru. Ima ovojnicu koja sadrži lipide, pa je osjetljiv na hloroform. Hepatitis G virus mu je daljnji rođak. HCV genom je RNA molekula. U takvim virusima enzim polimeraza nema sposobnost ispravljanja grešaka napravljenih tokom umnožavanja virusa i rezultat su brojne mutacije. Neke od tih mutacija su za virus smrtonosne (letalne mutacije), međutim drugi virusi preživljavaju i odgovorni su za ogromnu raznolikost koja obilježava HCV. Ova raznolikost od posebnog je značaja za dijagnozu infekcije, razvoj bolesti i odgovor na liječenje; sprječava razvoj cjepiva, omogućuje virusu bijeg od obrambenih mehanizama organizma i umanjuje odgovor na antivirusnu terapiju.

Različitosti virusa, ovisno o stupnju, definišu se kao kvazi-vrste i genotipovi. Kvazi-vrste su različiti, ali ipak vrlo podudarni virusi koji se razvijaju unutar zaraženog bolesnika tokom vremena. Kvazi-vrste su 95% međusobno podudarne. Razlike među kvazi-vrstama vidljive su jedino u dijelu virusa koji se brzo mijenja (tzv. hipervarijabilne regije). Obično se jedan dominantni dio s vremenom mijenja i zamijeni s jednim ili više drugačijih oblika zbog vanjskih pritisaka (obrambeni sistem tijela) na kvazi-vrstu. Kliničke posljedice kvazi-vrsta nisu potpuno razjašnjene; postoje dokazi o njihovoj važnosti za preživljavanje virusa u čovjeku, razvoj infekcije tokom vremena i odgovor na liječenje.

Vremenom, HCV se razvio u nekoliko različitih genotipova čija je međusobna podudarnost 80%. Tako razlikujemo 6 (šest) genotipova i bezbroj podtipova HCV-a. Razvoj genotipova najvjerojatnije je posljedica niza faktora: imunološke selekcije, načina infekcije, sposobnosti razmnožavanja virusa i njegovog kretanja. Stoga postoji različita geografska raspodjela pojedinih genotipova. Na našim prostorima prevladavaju genotipovi 1 i 3, dok se drugi genotipovi javljaju daleko rjeđe.

Klinički značaj virusnih genotipova nije posve jasan, no ima veoma važan značaj na odgovor na interferonsku terapiju. Neki od njih, posebno genotipovi 1 i 4 vezani su za lošiji odgovor na Interferon, te za vjerovatno teži tok hronične infekcije i veću evoluaciju u hepatocelularni karcinom. Nasuprot tome, infekcija sa genotipom 3 smatra se mnogo blažom, sa povoljnijim odgovorom na antivirusnu terapiju. Zbog ovakve različitosti među hepatitis C virusima, ne postoji cjepivo protiv ove bolesti.